Sebagai lembaga pengemban amanat UU No 5 tahun 1999, KPPU berkewajiban untuk memastikan terciptanya iklim persaingan usaha yang sehat dan kondusif di Indonesia. Untuk tujuan tersebut KPPU periode pertama (2000-2005) telah meletakan lima program utama, yakni pengembangan penegakan hukum, pengembangan kebijakan persaingan, pengembangan komunikasi, pengembangan kelembagaan dan pengembangan sistem informasi. Dalam periode 2006-2011 kelima program tersebut tetap menjadi program KPPU, tetapi penekananan lebih dilakukan terhadap dua fungsi utama KPPU yaitu melakukan penegakan hukum persaingan dan memberikan saran pertimbangan kepada pemerintah terkait dengan kebijakan yang berpotensi bertentangan dengan UU No 5 tahun 1999. Fungsi penegakan hukum bertujuan untuk menghilangkan berbagai hambatan persaingan berupa perilaku bisnis yang tidak sehat. Sementara proses pemberian saran pertimbangan kepada Pemerintah akan mendorong proses reformasi regulasi menuju tercapainya kebijakan persaingan yang efektif di seluruh sektor ekonomi. Selama ini, baik dalam proses penegakan hukum maupun dalam analisis kebijakan Pemerintah, seringkali ditemui bahwa kebijakan menjadi sumber dari lahirnya berbagai praktek persaingan usaha tidak sehat di beberapa sektor. Memperhatikan perkembangan ini, maka kebijakan persaingan menempati prioritas utama KPPU ke depan melalui program regulatory reform, dengan bentuk upaya internalisasi prinsip-prinsip persaingan usaha yang sehat dalam setiap kebijakan Pemerintah.
Terkait dengan upaya internalisasi nilai-nilai persaingan usaha yang sehat dalam kebijakan Pemerintah, KPPU selama ini memainkan perannya dengan senantiasa melakukan regulatory assessment dalam perspektif persaingan usaha, terhadap berbagai kebijakan yang dikeluarkan oleh Pemerintah ataupun lembaga regulator. Hasil dari aktivitas tersebut kemudian disampaikan kepada Pemerintah atau lembaga regulator melalui proses advokasi dan harmonisasi kebijakan. Dalam hal inilah maka sebagian besar program KPPU senantiasa disinergikan dengan program-program Pemerintah di sektor ekonomi.
Dalam beberapa tahun terakhir, dalam kerangka sinergi program KPPU dengan agenda Pemerintah, regulatory assessment difokuskan terhadap kebijakan di sektor yang memiliki keterkaitan dengan hajat hidup orang banyak. Misalnya dalam sektor yang memiliki keterkaitan erat dengan pelayanan publik seperti telekomunikasi, energi, kesehatan dan transportasi. KPPU juga senantiasa melakukan assessment terhadap berbagai kebijakan tataniaga komoditas pertanian yang seringkali memberikan efek distorsi yang berdampak buruk bagi kesejahteraan masyarakat, mengingat sektor pertanian sampai saat ini masih menjadi sektor di mana sebagian besar masyarakat Indonesia menggantungkan hidupnya. Penetapan sektor-sektor Prioritas ini dilakukan untuk dapat mengoptimalkan peran KPPU dalam upaya mendorong lahirnya sektor ekonomi yang efisien yang dalam gilirannya akan menciptakan kesejahteraan bagi masyarakat.
Dari pengamatan KPPU selama beberapa tahun terakhir, kebijakan yang tidak selaras dengan UU No 5 Tahun 1999, dikategorikan ke dalam tiga kelompok. Pertama, kelompok kebijakan yang memberikan ruang lebih besar kepada pelaku usaha yang memiliki posisi dominan atau pelaku usaha tertentu. Kebijakan Pemerintah tersebut cenderung menciptakan entry barrier bagi pelaku usaha pesaingnya. Akibatnya muncul perilaku penyalahgunaan posisi dominan oleh pelaku usaha tersebut.
Kelompok kedua adalah kebijakan Pemerintah yang memfasilitasi munculnya perjanjian antara pelaku usaha yang secara eksplisit bertentangan dengan UU No 5 Tahun 1999. Misalnya program kemitraan dalam industri peternakan ayam yang memunculkan perjanjian tertutup. Juga Program DSM Terang dari Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral yang memfasilitasi hadirnya perjanjian eksklusif antar pelaku usaha. Akibat dari munculnya perjanjian seperti itu, maka muncul perilaku anti persaingan dari pelaku usaha seperti menciptakan entry barrier dan pembatasan-pembatasan kepada mitra yang melakukan perjanjian.
Kelompok ketiga adalah kebijakan yang merupakan bentuk intervensi Pemerintah terhadap mekanisme pasar yang berjalan. Hal ini antara lain muncul dalam bentuk tata niaga atau regulasi yang membatasi jumlah pemain yang terlibat. Dilihat dari aspek persaingan, hal ini merupakan kemunduran, karena mencegah bekerjanya mekanisme pasar di sektor tersebut yang dapat memberikan banyak manfaat bagi masyarakat. Pasar yang dibebaskan bersaing dipercaya dapat memberikan banyak keuntungan dan peran Pemerintah diperlukan untuk mewujudkannya.
Pada akhirnya, melalui kegiatan-kegiatan utama tersebut, KPPU memberikan andil dalam pembangunan perekonomian nasional, dengan meminimalkan hambatan persaingan dalam bentuk hambatan bagi inovasi pelaku usaha dan hambatan bagi efektifitas dunia usaha itu sendiri, baik dalam bentuk private restraint maupun government restraint. Upaya KPPU untuk mendorong reformasi kebijakan sektor-sektor pelayanan publik, infrastruktur serta review terhadap tataniaga komoditas pertanian akan sejalan dengan program Pemerintah untuk meningkatkan peran sektor swasta dalam perekonomian nasional. Di sisi lain, proses harmonisasi kebijakan persaingan yang dilakukan KPPU diharapkan mampu mempertegas fungsi pengaturan dan pengawasan yang dilaksanakan baik oleh Pemerintah maupun badan regulator sektoral.
Iklim persaingan usaha yang sehat akan menjamin tercapainya efisiensi dan efektifitas sistem perekonomian. Melalui persaingan usaha yang sehat pula, akan terjamin adanya kesempatan berusaha yang sama antara pelaku usaha besar, menengah dan kecil. Selain itu, persaingan usaha yang sehat akan meningkatkan daya saing industri dalam negeri sehingga mampu bersaing baik di pasar domestik maupun pasar internasional. Dengan demikian, maka dapat disimpulkan bahwa penegakan hukum persaingan dan implementasi kebijakan persaingan yang efektif akan menjadi pengawal bagi terimplementasinya sistem ekonomi pasar yang wajar, yang akan bermuara pada peningkatan kesejahteraan rakyat Indonesia.
Implementasi UU No. 5 Tahun 1999 oleh KPPU telah dijalankan selama beberapa tahun, sepanjang periode tersebut KPPU telah menerima kurang lebih 450 laporan dari masyarakat mengenai dugaan pelanggaran persaingan usaha, dan hampir 60 % dari kasus yang ditangani KPPU adalah kasus dugaan persekongkolan tender. Fakta tersebut menunjukkan bahwa kondisi terkini pengadaan barang dan jasa masih banyak diwarnai perilaku usaha yang tidak sehat, dimana pelaku usaha cenderung memupuk insentif untuk mendapatkan keuntungan sebesar-besarnya dengan melakukan tindakan-tindakan anti persaingan, seperti melakukan pembatasan pasar, praktek persekongkolan, serta melakukan kolusi dengan panitia pengadaan untuk menentukan hasil akhir lelang.
Berbagai kondisi tersebut diduga menjadi penyebab tingginya tingkat korupsi dan kolusi di Indonesia, khususnya dalam pengadaan barang dan jasa proyek pemerintah. Keadaan yang demikian menyebabkan hilangnya persaingan dan mengakibatkan penggunaan sumber daya yang tidak efisien serta menimbulkan pengaruh yang merugikan bagi kinerja industri dan perkembangan ekonomi.
Padahal proses pengadaan barang dan jasa yang dilaksanakan secara kompetitif dan memperhatikan prinsip persaingan usaha yang sehat akan mampu meningkatkan kesejahteraan rakyat (public welfare) karena sebagian besar proyek-proyek pemerintah memang merupakan kegiatan pemerintah atau government spending yang ditujukan untuk memacu kegiatan dan pertumbuhan ekonomi.
Dalam konteks persaingan inilah, KPPU menjalankan fungsinya sebagai pengawas yang menelusuri pembuktian dugaan persekongkolan yang terjadi pada setiap tahapan proses pengadaan. Berkaitan dengan upaya penciptaan iklim usaha yang sehat di bidang pengadaaan barang dan jasa, KPPU berusaha mengetahui sejauh mana kebijakan yang ada telah sesuai dengan prinsip-prinsip persaingan usaha yang sehat, terutama terhadap aspek pemberian kesempatan yang sama kepada semua pelaku usaha. Persekongkolan sering terjadi dalam tender-tender pemerintah. Untuk menghindari persekongkolan vertikal terus berlangsung, pihak KPPU sudah memberikan masukan pada pemerintah agar berhati-hati dalam pelaksanaan tender, juga dalam persyaratan tender. Harus hati-hati, jangan sampai mengarah ke pelaku usaha tertentu.